سلجوقیان عراق عجم یا سلجوقیان همدان به سلسله ای محلی از شاخه سلجوقیان بزرگ اطلاق می شود که در سال ۵۱۱ه. ق پس از تقسیم حکومت سلجوقیان بزرگ به دو شاخه شرقی به مرکزیت خراسان و شاخه غربی به مرکزیت اصفهان و همدان بین مدعیان قدرت؛ در منطقه جبال یا عراق عجم پایه ریزی شد.
جعفریان، رسول (۱۳۸۶). تاریخ ایران اسلامی، از طلوع طاهریان تا غروب خوارزمشاهیان. دو. تهران: کانون اندیشه جوان.
اوزگودنلی، عثمان غازی (۱۳۹۳). تاریخ جامع ایران، دنباله آل بویه و ایران در عصر سلجوقیان. هشت. تهران: بنیاد دائرةالمعارف بزرگ اسلامی.
زرین کوب، عبدالحسین (۱۳۹۱). «سلجوق نامه». روزگاران. تهران: انتشارات سخن.
باسورث، ادموند کلیفورد (۱۳۸۰). سلجوقیان. ترجمهٔ یعقوب آژند. تهران: انتشارات مولی.
حلمی، احمد (۱۳۹۳). دولت سلجوقیان. ترجمهٔ عبدالله ناصری طاهری. تهران: نشر حوزه و دانشگاه.
حکومت سلجوقیان عراق عجم با سطنت محمد بن ملکشاه(۴۹۸–۵۱۱ه. ق) آغاز شد. او که پس از برادرش (برکیارق) مدعی سلطنت بود، فرزند برادر خود ملکشاه بن برکیارق را از سلطنت خلع کرد و خود را سلطان خواند (۴۹۸ه. ق). او فتنه اسماعیلیه را در شاهدژ اصفهان فرونشاند و حتی به محاصره الموت اقدام کرد که نصیبی نبرد.سلطان محمد در اواخر عمر به شام لشکرکشی کرد و با صلیبیون جنگید اما شکست خورد و به اصفهان بازگشت (۵۰۹ه. ق) و دو سال بعد در ذیحجه سال ۵۱۱ه. ق درگذشت. پس از سلطان محمد، قلمرو او در آذربایجان و عراق به پسرش محمود بن محمد(۵۱۳–۵۲۵ه. ق) رسید. محمود در ابتدای حکومتش به مخالفت با سلطان سنجر پرداخت، اما در حوالی ساوه از سلطان بزرگ شکست خورد. اما سنجر علاوه بر اینکه او را عفو کرد، امارت مناطقی را که از پدرش به او رسیده بود برایش باقی گذاشت و مناطقی از جبال را به آن افزود همچنین او را به ولیعهدی خود برگزید. سلطنت مجمود چهارده سال به طول انجامید و در طی آن به تدریج از قلمرو تحت امرش کاسته شد. بعد از سلطان محمود، برادر وی، طغرل (۵۲۶–۵۲۹ه. ق) بر تخت سلطنت نشست و بعد از او سلطان مسعودبن محمد(۵۲۹–۵۴۷ه. ق) به حکومت رسید که هجده سال فرمانروایی کرد با این وجود هرگز قلمروش از صلح و ایمنی برخوردار نشد. وی با المسترشد بالله خلیفه عباسی اختلاف نظر پیدا کرد و در حوالی دینور با وی جنگید و به اسارت گرفت. مهم ترین مسئله این دولت از بدو تأسیس، مجادله اعضای خاندان بر سر قدرت و عصیان فرمانروایان قدرتمند محلی بود؛ امیرانی که با عنوان اتابک، وظیفه تربیت شاهزادگان سلجوقی را داشتند. ایشان به موازات ضعف حکومت مرکزی، به تدریج مقتدر شدند و نسبت به حکومت و استقلال ادعا داشتند. از جمله منگو برس که یکی از اتابکان آلب ارسلان بن طغرل بود و ضد مسعود اتحادی پدیدآورد. ابرس خود در نبرد با سلطان مسعود در اطراف همدان کشته شد؛ ولی یارانش لشکر سلطان را درهم شکستند و سلطان را به آذربایجان فراری دادند. چندی بعد امیر قراسنقر که از نزدیکان مسعود بود هم قیام کرد. مسعود به خواست او رفتار کرد و کار به صلح انجامید. از سوی دیگر عمادالدین زنگی هم به سبب آشوب ها که ایجاد می کرد مورد حمله سلطان مسعود قرار گرفت (۵۳۸ه. ق) ولی اینجا نیز کار با صلح خاتمه یافت.یکی از مهم ترین عصیان های داخلی، عصیان امیر بوزآبه بود که پس از قتل امیر منگوبرس بر منطقه فارس تسلط یافته بود. امیر قراسنقر که امور حکومت عراق را در دست داشت، برای سرکوب او عازم آن دیار شد. پس از ماجراهایی که به ناکامی سلطان مسعود انجامید، بوزآبه بر همدان نیز مستولی شد. اما مسعود مدتی بعد او را به فارس عقب راند. در این شرایط امیر چاولی از مردان مورد اعتماد مسعود، با بوزآبه متحد شد و تصمیم گرفت محمد سلجوقی را به سلطنت بردارد. اما امیر چاولی درگذشت و بوزآبه و محمد سلجوقی که از اقدامات مسعود نگران بودند، دست از سرکشی برداشته و اظهار اطاعت کردند. سلطان مسعود نیز محمد را به ولیعهدی خود برگزید.پس از این حوادث امرای حکمران ولایات مختلف مانند؛ ایلدگز حاکم آذربایجان، الب قوش حاکم جبال، تورونتای شحنه واسط، حاجب تاتار و امیر قیصر، باهم متحد شدند و علیه حکومت مرکزی شورش کردند. ایشان برای مشروعیت بخشی به کار خویش ملک محمد را نیز همراه خود کردند و به سمت بغداد راه افتادند. (۵۴۳ه. ق) خلیفه المقتفی لامر الله کوشید که با آنان به توافق برسد اما موفق نشد و به پیشنهاد مسعود به دفاع از بغداد پرداخت. با طولانی شدن مدت محاصره، شورشیان دچار اختلاف شدند و از اطراف بغداد پراکنده شدند.در ذیحجه سال بعد مسعود پس از مذاکره با سنجر به بغداد آمد و مورد استقبال خلیغه قرار گرفت. او شورشیان را عفو کرد. او در بهار سال ۵۴۶ه. ق به سمت همدان حرکت کردو در راه بیمار شد و با وجود تلاش های پزشکان در ۴۵ سالگی درگذشت. جنازه اش را در مدرسه ای که جمال الدین اقبال در همدان ساخته بود دفن کردند. سلطان مسعود از علما و شعرا حمایت می کرد و به کارهای عمرانی می پرداخت. او برای تشویق فعالیت علمی در ۵۲۷ه. ق مدرسه ای در بغداد بنا کرد که به نام خودش غیاثیه نامیده می شد. همچنین برای رونق گرفتن کشاورزی در سال ۵۳۶ه. ق در نهروان شبکه آبیاری ای احداث کرد.با مرگ سلطان مسعود، چون فرزند پسر نداشت، امیر خاص بیک بلنگری، که خود می خواست زمام امور را در دست گیرد، ملکشاه(۵۴۷–۵۴۸ه. ق) برادر محمد را سلطان اعلام کرد و به نام او با لقب معین الدین خطبه خواند. اما اندک زمانی بعد اعلام کرد که ملکشاه از استعداد سلطنت برخوردار نیست و به همین دلیل او را به زندان انداخت و برادر او محمد(۵۴۸–۵۵۴ه. ق) را به سلطنت رساند. سلطان محمد با به قدرت رسیدن ابتدا دستور قتل امیر خاص بیک و امیر جاندار زنگی را صادر کرد. از این رو سایر امرا به وحشت افتاده و خواهان حکومت سلیمانشاه عموی محمد شدند. خلیفه هم که با حکومت سلطان محمد موافق نبود، سلیمانشاه را به گرفتن حکومت تحریک کرد و به نام او خطبه خواند. از طرف دیگر ملکشاه مخلوع هم با یارانش به سلیمانشاه پیوسته و به همراه قوای کمکی خلیفه راه همدان را در پیش گرفت. سلطان محمد هم از قطب الدین مودود اتابک موصل و نایب دار زین الدین علی کوچک کمک خواست و سلیمانشاه را شکست داد. (۵۵۱ه. ق) و چون سلیمانشاه با نیرویی اندک به سمت بغداد عقب نشینی کرد، به دست علی کوچک دستگیر شد.سپس سلطان محمد به بغداد لشکر کشید و ۴ ماه آنجا را در محاصره گرفت؛ ولی ناکام ماند و ناچار به مقابله با ملکشاه و اتابک ایلدگز که متحد شده و به سمت همدان در حرکت بودند، برخاست و در سال ۵۵۲ه. ق آن ها را درهم شکست. سلطان محمد در ذیحجه ۵۵۴ه. ق بیمار شد و درگذشت.پس از مرگ سلطان محمد ارکان دولت و امرای او دچار اختلاف شدند. برخی مواق ارسلان شاه بن طغرل، برخی طرفدار سلیمانشاه و برخی خواهان ملکشاه بودند. سرانجام به دلیل برتری امیر اینانج، والی اران، سلیمانشاه انتخاب شد که در موصل زندانی قطب الدین مودود بود. قطب الدین برای آزادی او شروطی گذاشت و در نهایت او را آزاد کرد و سلیمانشاه در ربیع الاول ۵۵۵ه. ق در همدان بر تخت سلطنت نشست. امرا اما به علت فروکش نکردن اختلافاتشان چندی بعد سلیمانشاه را از تخت به زیر کشیده و خطبه به نام ارسلان شاه کردند. (ذیحجه همان سال) ایشان سلیمانشاه را مدتی در قلعه علاءالدوله در زندان نگهداشتند و در ربیع الثانی ۵۵۶ه. ق به قتل رساندند.ملک ارسلان شاه در دوره سلطنت عمویش مسعود، در قلعه تکریت زندانی شد و دوره خردسالی و نوجوانی را همان جا گذراند. بعدها شحنه بغداد مسعود بلالی و امیر الب قوش او را از زندان آزاد کردند و ارسلان شاه مدتی نزد الب قوش ماند. پس از مرگ الب قوش، ارسلان شاه به خلیفه المقتفی پناهنده شد و بعدها با اجازه خلیفه نزد پدرخوانده خود شمس الدین ایلدگز رفت. سلیمانشاه هم با رسیدن به سلطنت او را ولیعهد خود کرد تا او را از اقدام ضد خود بازدارد. پس از قتل سلیمانشاه، ابلدگز به درخواست امرای همدان، ارسلان(۵۵۵–۵۷۱ه. ق) را برداشت و به آنجا برد و برتخت نشاند. خود ایلدگز اتابک سلطان جدید شد و پسرش مجمد جهان پهلوان حاجب او شد.با این همه المستنجد بالله خلیفه عباسی، ارسلان شاه را به رسمیت نشناخت و درخواست ایلدگز برای کنترل تمامی مناطق در ایران وعراق هم با مخالفت امرا روبرو شد؛ بنابراین حسام الدین اینانج والی ری، عز الدین ساتماز والی اصفهان و الب ارگو والی قزوین، با ارسال پیام به سنقر اتابک فارس از او خواستند تا ملک محمد بن طغرل، برادر ارسلان شاه را که در شیراز بود، برای اشغال تخت سلطنت به همدان بفرستد. اتابک سنقر هم ملک محمد را با هزار سرباز روانه کرد و پس از پیوستن امرای مخالف ارسلان شاه به او، به سمت همدان حرکت کرد. ایلدگز و ارسلان شاه که آماده مقابله بودند، در حدود همدان ملک محمد را شکست دادند.سلطان ارسلان شاه و ایلدگز، با کوشش بسیار قلمرو سلجوقی را نظم دادند، ولی خلیفه عباسی که در فکر احیای قدرت دنیوی خود بود دائماً به تحریک شاهزادگان و امرا علیه سلاجقه می پرداخت. چنان که عون الدین یحیی وزیر خلیفه از اتابک فارس درخواست کرد به نام محمود، پسر ملکشاه خطبه بخواند. اتابک زنگی نیز محمود را سلطان خواند و آماده جنگ با ایلدگز شد؛ ولی سرانجام هر دو طرف به صلح رضایت دادند و سلغریان فارس رسماً تابع سلاجقه شدند. در واقع باید گفت که کوشش های ایلدگز، دولت ارسلان شاه را قدرتمند ساخت و سلطان در واقع قدرت چندانی نداشت. گرچه سلطان قصد محدود کردن اختیارات ایلدگز را داشت اما مادرش که زن اتابک بود همواره مانع او می شد.چندی بعد اتابک درگذشت و پسرش شمس الدین محمد جهان پهلوان به سرعت به آذربایجان رفت و بر خزا۸۲ین و لشکریان پدر مسلط شد و خود را اتابک خواند. این اتفاق ارسلان شاه را نگران کرد و امرای دیگر هم به تحریک او ضد اتابک نو برخاستند. سلطان با لشکریانش به سمت آذربایجان حرکت کرد اما بیمار شد و به همدان بازگشت و به ناچار اتابکی شمس الدین را پذیرفت. با این وجود مدتی بعد در رجب ۵۷۱ه. ق به دست اتابک مسموم شد و درگذشت.پس از مرگ ارسلان، اتابک پسر خردسال او طغرل را به سلطنت نشاند. ملک محمد عموی طغرل به مخالفت برخاست اما از اتابک شکست خورد و در سال ۵۷۱ه. ق به قتل رسید. پس از این ماجرا اتابکان فارس و موصل، ارمن شاهان خلاط و امرای خوزستان حکومت طغرل را به رسمیت شناختند.جهان پهلوان در سال ۵۸۲ه. ق درگذشت و مظفرالدین قزل ارسلان خود را اتابک خواند و مخالفت طغرل نیز به جایی نرسید. اما اندکی بعد موفق شد قزل ارسلان را به آذربایجان فراری دهد. مظفرالدین قزل ارسلان در آنجا با الناصر لدین الله خلیفه عباسی ضد طغرل همداستان شد. طغرل نخست لشکر خلیفه را شکست داد اما از قزل ارسلان شکست خورد و دستگیر و زندانی شد. (۵۸۶ه. ق)مظفرالدین قزل ارسلان پس از زندانی کردن طغرل، سنجر بن سلیمانشاه را به سلطنت برداشت، ولی اندکی بعد او را نیز زندانی کرد و در اقدامی عجیب خود را سلطان خواند. این رفتار، اینانج خاتون زن ایلدگز را که از مظفرالدین متنفر و منتظر فرصت بود، برانگیخت. اینانج خاتون سرانجام در شوال ۵۸۷ه. ق قزل ارسلان را به قتل رساند.قلمرو این سلسله پس از قتل قزل ارسلان به دو بخش تقسیم شد: آذربایجان به اتابک ابوبکر و عراق عجم نیز به قتلغ اینانج تعلق گرفت. چندی بعد از آن نیز سپهسالار حسام الدین دیزماری و امیر بار آناسوقلی، سلطان طغرل بن ارسلان شاه را از قلعه ای که ۱۴ ماه در آن زندانی بود بیرون آوردند. طغرل ابتدا علیه اتابک ابوبکر اقدام کرد و او را مغلوب کرد. پس از آن راهی عراق عجم شد و قتلغ اینانج را در بیرون از شهر قزوین مغلوب کرد. (جمادی الثانی۵۸۸ه. ق) وی سپس به همدان رفته، برتخت نشست و امور را سامان داد و معین الدین کاشی را به وزارت برگزید. (۵۸۹ه. ق)علاءالدین تکش خوارزمشاه که هم اکنون با سقوط دولت سنجر بر خراسان مسلط شده بود با مرگ قزل ارسلان و با استفاده از اغتشاشات موجود، در ظاهر و به بهانه حفظ حق سلجوقیان راهی عراق عجم شد(۵۸۹ه. ق) و قلعه طبرک و حوالی ری را تصرف کرد. سلطان طغرل که به تازگی قتلغ اینانج را شکست داده بود با تکش صلح کرد اما این صلح چندان نپایید، چرا که با تحریک برخی از امرا کدورتی بین آن دو بروز کرد. تصرف قلعه طبرک توسط طغرل، موجب واکنش خوارزمشاه شد. در این زمان قتلغ اینانج نیز به تکش پیوست. دو لشکر در ربیع الاول ۵۹۰ه. ق در اطراف ری باهم روبرو شدند. در اثنای جنگ تیری به چشم طغرل خورد و او از اسب به زیر افتاد. قتلغ اینانج که همان نزدیکی بود، سر از تن سلطان جدا کرد و نزد تکش فرستاد. جنازه بی سر او نیز در آرامگاه طغرل اول دفن شد.
خلفا در این دوره از قدرت مالی سیاسی مستقل برخوردار نبودند. ایشان دربار و وزیر ویژه ای داشتند و به صورت یک مرشد معنوی-سیاسی عمل می کردند. در این دوره سه نفر خلافت کردند. المستظهر بالله(۵۱۲–۴۸۷ه. ق) المسترشد بالله (۵۲۹–۵۱۲ه. ق) و الراشد بالله (۵۳۲–۵۲۹ه. ق).منابع مالی خلفا برای اداره دربار، هدایایی بود که ملوک و امیران مختلف، برای خلیفه ارسال می کردند. خلیفه نه تنها موقعیتی در دادن خلعت و تأیید امارت سلسله های حاکم داشت، بلکه گاه در حل اختلافات امیران نیز مداخله می کرد. به علاوه، او پناه افرادی بود که به وسیله سلاطین معزول می شدند و تحت تعقیب قرار می گرفتند؛ این اشخاص به خلیفه پناهنده می شدند تا وی در حل اختلاف وساطت کند و البته مبلغ قابل توجهی نیز به خلیفه برای این کار می پرداختند.در سال ۵۲۰ه. ق میان یرنقش زکوی، رئیس پلیس بغداد و کارگزاران خلیفه نزاعی درگرفت. زکوی به نزد سلطان محمود بن محمد رفت و او را از اقدام مسترشد مطلع کرد. سلطان محمود نیز به سمت بغداد حرکت کرد و به بغداد وارد شد. خلیفه اما با آمدن او مخالفت کرد و به سمت غربی شهر نقل مکان کرد، سلطان که از اقدامات مسترشد نگران بود سعی کرد او را در بند کند اما مردم بغداد به حمایت خلیفه قیام کردندو سپاهی سی هزار نفری از مردم به دفاع از خلیفه پرداختند. با آمدن نیروهای کمکی، سلطان موفق به پیروزی در این جنگ و دستگیر کردن خلیفه شد و در ۵۲۱ه. ق به همدان بازگشت.در سال ۵۲۹ه. ق خلیفه عباسی که در فکر تقویت پایگاه سیاسی خود بود، به جنگ سلطان مسعود بن محمد رفت. آن زمان مسعود در همدان بود و بسیای از امرای وی همدلی خود را با خلیفه به طور پنهانی اعلام کرده بودند. جنگ میان آندو درگرفت و شگفت آنکه بدون کشته شدن حتی یک نفر از سپاه سلجوقی، خلیفه و یارانش شکست خوردند و خلیفه و قاضی القضات و عالمانی که همراهش بودند همگی به اسارت سلطان مسعود درآمدند. اسارت خلیفه برای مسلمانان فاجعه ای بسیار سنگین و سخت بود. به گزارش منابع همعصر، سنیان بغداد پس از شنیدن خبر اسارت خلیفه در کوچه و بازار بر سر و صورت خود خاک می ریختند ضجه می زدند. از سوی دیگر سلطان سنجر که در ظاهر روابطش با خلیفه حسنه بود از سلطان مسعود خواست هرچه زودتر خلیفه را آزاد کرده و با احترام به بغداد بازگرداند.زمانی که سلطان مسعود و خلیفه مشغول گفتگوی صلح بودند، بیست و چهار نفر از اسماعیلیان به چادر خلیفه حمله کردند و او را کشتند. از آنجا که این رخداد در اردوی سلطان مسعود رخ داد، به نوشته جوینی «جمعی از کوتاه نظران و بدخواهان دولت سنجری، این حال را بدیشان نسبت می کردند» که جوینی این را اتهامی واهی شمرده.پس از مسترشد، با فرزندش الراشد به عناون خلیفه بیعت شد؛ اما در سال ۵۳۰ه. ق با مرگ وی و باالمقتفی لامر الله بیعت شد. راشد که قصد جنگ با ملاحده (اسماعیلیان) را داشت -شاید به قصد انتقام پدرش- از بغداد به سوی اصفهان حرکت کرد. اما اینبار نیز فدائیان اسماعیلی به سراغ او آمدند و در رمضان ۵۳۲ه. ق در بارگاهش او را به قتل رسانده و همان جا دفن کردند. هم اکنون نیز مقبره ای در محله پل شهرستان اصفهان (در نزدیکی زاینده رود) موجود است که به احتمال قوی از آن راشد عباسی است.در سال ۵۵۱ه. ق سلطان محمد بن محمود برای آنکه نامش در خطبه نماز جمعه بغداد خوانده شود به بغداد لشکرکشی کرد و به نبرد با خلیفه پرداخت اما با دریافت خبر تصرف همدان توسط رقیبانش، بغداد را رها کرده و به همدان بازگشت. او در همان شهر به سل مبتلا شد و در ۵۵۴ه. ق درگذشت.زمانی که الناصر لدین الله در سال ۵۷۵ه. ق به خلافت رسید به تریج کوشید تا قدرت از دست رفته خلافت را بازگرداند. طغرل بن ارسلان (طغرل سوم)در سال ۵۸۳ه. ق نماینده ای را به بغداد فرستاد تا به اطلاع خلیفه برساند که دارلسلطنه را برای آمدن او آماده کند. خلیفه نه تنها پاسخ مثبتی به نماینده سلطان نداد بلکه بلکه دستور داد تا دارالسلطنه را ویران کنند. سال بعد میان سپاه خلیفه و سلطان در نزدیکی همدان نبردی درگرفت که خلیفه در طی آن شکست خورد. اما با این وجود او یر انجام خواسته هایش اصرار داشت. در این دوره درگیری سلجوقیان و خوارزمشاهیان بالا گرفت و طغرل به سال ۵۹۰ه. ق کشته شد.
در نظام حکومتی سلجوقیان عراق عجم، مانند سایر سلسله های حاکم بر ایران، شخص سلطان مقام نخست را داشت. از نظر نظام الملک نیز «سلطان به عنوان شبان مردم در راس تمام امور قرار داشت».دستگاه دیوانسالاری این سلسله محلی تا حد زیادی به دیوانسالاری حکومت سامانیان شباهت داشت و دارای دو رکن اساسی بود:
جعفریان، رسول (۱۳۸۶). تاریخ ایران اسلامی، از طلوع طاهریان تا غروب خوارزمشاهیان. دو. تهران: کانون اندیشه جوان.
اوزگودنلی، عثمان غازی (۱۳۹۳). تاریخ جامع ایران، دنباله آل بویه و ایران در عصر سلجوقیان. هشت. تهران: بنیاد دائرةالمعارف بزرگ اسلامی.
زرین کوب، عبدالحسین (۱۳۹۱). «سلجوق نامه». روزگاران. تهران: انتشارات سخن.
باسورث، ادموند کلیفورد (۱۳۸۰). سلجوقیان. ترجمهٔ یعقوب آژند. تهران: انتشارات مولی.
حلمی، احمد (۱۳۹۳). دولت سلجوقیان. ترجمهٔ عبدالله ناصری طاهری. تهران: نشر حوزه و دانشگاه.
حکومت سلجوقیان عراق عجم با سطنت محمد بن ملکشاه(۴۹۸–۵۱۱ه. ق) آغاز شد. او که پس از برادرش (برکیارق) مدعی سلطنت بود، فرزند برادر خود ملکشاه بن برکیارق را از سلطنت خلع کرد و خود را سلطان خواند (۴۹۸ه. ق). او فتنه اسماعیلیه را در شاهدژ اصفهان فرونشاند و حتی به محاصره الموت اقدام کرد که نصیبی نبرد.سلطان محمد در اواخر عمر به شام لشکرکشی کرد و با صلیبیون جنگید اما شکست خورد و به اصفهان بازگشت (۵۰۹ه. ق) و دو سال بعد در ذیحجه سال ۵۱۱ه. ق درگذشت. پس از سلطان محمد، قلمرو او در آذربایجان و عراق به پسرش محمود بن محمد(۵۱۳–۵۲۵ه. ق) رسید. محمود در ابتدای حکومتش به مخالفت با سلطان سنجر پرداخت، اما در حوالی ساوه از سلطان بزرگ شکست خورد. اما سنجر علاوه بر اینکه او را عفو کرد، امارت مناطقی را که از پدرش به او رسیده بود برایش باقی گذاشت و مناطقی از جبال را به آن افزود همچنین او را به ولیعهدی خود برگزید. سلطنت مجمود چهارده سال به طول انجامید و در طی آن به تدریج از قلمرو تحت امرش کاسته شد. بعد از سلطان محمود، برادر وی، طغرل (۵۲۶–۵۲۹ه. ق) بر تخت سلطنت نشست و بعد از او سلطان مسعودبن محمد(۵۲۹–۵۴۷ه. ق) به حکومت رسید که هجده سال فرمانروایی کرد با این وجود هرگز قلمروش از صلح و ایمنی برخوردار نشد. وی با المسترشد بالله خلیفه عباسی اختلاف نظر پیدا کرد و در حوالی دینور با وی جنگید و به اسارت گرفت. مهم ترین مسئله این دولت از بدو تأسیس، مجادله اعضای خاندان بر سر قدرت و عصیان فرمانروایان قدرتمند محلی بود؛ امیرانی که با عنوان اتابک، وظیفه تربیت شاهزادگان سلجوقی را داشتند. ایشان به موازات ضعف حکومت مرکزی، به تدریج مقتدر شدند و نسبت به حکومت و استقلال ادعا داشتند. از جمله منگو برس که یکی از اتابکان آلب ارسلان بن طغرل بود و ضد مسعود اتحادی پدیدآورد. ابرس خود در نبرد با سلطان مسعود در اطراف همدان کشته شد؛ ولی یارانش لشکر سلطان را درهم شکستند و سلطان را به آذربایجان فراری دادند. چندی بعد امیر قراسنقر که از نزدیکان مسعود بود هم قیام کرد. مسعود به خواست او رفتار کرد و کار به صلح انجامید. از سوی دیگر عمادالدین زنگی هم به سبب آشوب ها که ایجاد می کرد مورد حمله سلطان مسعود قرار گرفت (۵۳۸ه. ق) ولی اینجا نیز کار با صلح خاتمه یافت.یکی از مهم ترین عصیان های داخلی، عصیان امیر بوزآبه بود که پس از قتل امیر منگوبرس بر منطقه فارس تسلط یافته بود. امیر قراسنقر که امور حکومت عراق را در دست داشت، برای سرکوب او عازم آن دیار شد. پس از ماجراهایی که به ناکامی سلطان مسعود انجامید، بوزآبه بر همدان نیز مستولی شد. اما مسعود مدتی بعد او را به فارس عقب راند. در این شرایط امیر چاولی از مردان مورد اعتماد مسعود، با بوزآبه متحد شد و تصمیم گرفت محمد سلجوقی را به سلطنت بردارد. اما امیر چاولی درگذشت و بوزآبه و محمد سلجوقی که از اقدامات مسعود نگران بودند، دست از سرکشی برداشته و اظهار اطاعت کردند. سلطان مسعود نیز محمد را به ولیعهدی خود برگزید.پس از این حوادث امرای حکمران ولایات مختلف مانند؛ ایلدگز حاکم آذربایجان، الب قوش حاکم جبال، تورونتای شحنه واسط، حاجب تاتار و امیر قیصر، باهم متحد شدند و علیه حکومت مرکزی شورش کردند. ایشان برای مشروعیت بخشی به کار خویش ملک محمد را نیز همراه خود کردند و به سمت بغداد راه افتادند. (۵۴۳ه. ق) خلیفه المقتفی لامر الله کوشید که با آنان به توافق برسد اما موفق نشد و به پیشنهاد مسعود به دفاع از بغداد پرداخت. با طولانی شدن مدت محاصره، شورشیان دچار اختلاف شدند و از اطراف بغداد پراکنده شدند.در ذیحجه سال بعد مسعود پس از مذاکره با سنجر به بغداد آمد و مورد استقبال خلیغه قرار گرفت. او شورشیان را عفو کرد. او در بهار سال ۵۴۶ه. ق به سمت همدان حرکت کردو در راه بیمار شد و با وجود تلاش های پزشکان در ۴۵ سالگی درگذشت. جنازه اش را در مدرسه ای که جمال الدین اقبال در همدان ساخته بود دفن کردند. سلطان مسعود از علما و شعرا حمایت می کرد و به کارهای عمرانی می پرداخت. او برای تشویق فعالیت علمی در ۵۲۷ه. ق مدرسه ای در بغداد بنا کرد که به نام خودش غیاثیه نامیده می شد. همچنین برای رونق گرفتن کشاورزی در سال ۵۳۶ه. ق در نهروان شبکه آبیاری ای احداث کرد.با مرگ سلطان مسعود، چون فرزند پسر نداشت، امیر خاص بیک بلنگری، که خود می خواست زمام امور را در دست گیرد، ملکشاه(۵۴۷–۵۴۸ه. ق) برادر محمد را سلطان اعلام کرد و به نام او با لقب معین الدین خطبه خواند. اما اندک زمانی بعد اعلام کرد که ملکشاه از استعداد سلطنت برخوردار نیست و به همین دلیل او را به زندان انداخت و برادر او محمد(۵۴۸–۵۵۴ه. ق) را به سلطنت رساند. سلطان محمد با به قدرت رسیدن ابتدا دستور قتل امیر خاص بیک و امیر جاندار زنگی را صادر کرد. از این رو سایر امرا به وحشت افتاده و خواهان حکومت سلیمانشاه عموی محمد شدند. خلیفه هم که با حکومت سلطان محمد موافق نبود، سلیمانشاه را به گرفتن حکومت تحریک کرد و به نام او خطبه خواند. از طرف دیگر ملکشاه مخلوع هم با یارانش به سلیمانشاه پیوسته و به همراه قوای کمکی خلیفه راه همدان را در پیش گرفت. سلطان محمد هم از قطب الدین مودود اتابک موصل و نایب دار زین الدین علی کوچک کمک خواست و سلیمانشاه را شکست داد. (۵۵۱ه. ق) و چون سلیمانشاه با نیرویی اندک به سمت بغداد عقب نشینی کرد، به دست علی کوچک دستگیر شد.سپس سلطان محمد به بغداد لشکر کشید و ۴ ماه آنجا را در محاصره گرفت؛ ولی ناکام ماند و ناچار به مقابله با ملکشاه و اتابک ایلدگز که متحد شده و به سمت همدان در حرکت بودند، برخاست و در سال ۵۵۲ه. ق آن ها را درهم شکست. سلطان محمد در ذیحجه ۵۵۴ه. ق بیمار شد و درگذشت.پس از مرگ سلطان محمد ارکان دولت و امرای او دچار اختلاف شدند. برخی مواق ارسلان شاه بن طغرل، برخی طرفدار سلیمانشاه و برخی خواهان ملکشاه بودند. سرانجام به دلیل برتری امیر اینانج، والی اران، سلیمانشاه انتخاب شد که در موصل زندانی قطب الدین مودود بود. قطب الدین برای آزادی او شروطی گذاشت و در نهایت او را آزاد کرد و سلیمانشاه در ربیع الاول ۵۵۵ه. ق در همدان بر تخت سلطنت نشست. امرا اما به علت فروکش نکردن اختلافاتشان چندی بعد سلیمانشاه را از تخت به زیر کشیده و خطبه به نام ارسلان شاه کردند. (ذیحجه همان سال) ایشان سلیمانشاه را مدتی در قلعه علاءالدوله در زندان نگهداشتند و در ربیع الثانی ۵۵۶ه. ق به قتل رساندند.ملک ارسلان شاه در دوره سلطنت عمویش مسعود، در قلعه تکریت زندانی شد و دوره خردسالی و نوجوانی را همان جا گذراند. بعدها شحنه بغداد مسعود بلالی و امیر الب قوش او را از زندان آزاد کردند و ارسلان شاه مدتی نزد الب قوش ماند. پس از مرگ الب قوش، ارسلان شاه به خلیفه المقتفی پناهنده شد و بعدها با اجازه خلیفه نزد پدرخوانده خود شمس الدین ایلدگز رفت. سلیمانشاه هم با رسیدن به سلطنت او را ولیعهد خود کرد تا او را از اقدام ضد خود بازدارد. پس از قتل سلیمانشاه، ابلدگز به درخواست امرای همدان، ارسلان(۵۵۵–۵۷۱ه. ق) را برداشت و به آنجا برد و برتخت نشاند. خود ایلدگز اتابک سلطان جدید شد و پسرش مجمد جهان پهلوان حاجب او شد.با این همه المستنجد بالله خلیفه عباسی، ارسلان شاه را به رسمیت نشناخت و درخواست ایلدگز برای کنترل تمامی مناطق در ایران وعراق هم با مخالفت امرا روبرو شد؛ بنابراین حسام الدین اینانج والی ری، عز الدین ساتماز والی اصفهان و الب ارگو والی قزوین، با ارسال پیام به سنقر اتابک فارس از او خواستند تا ملک محمد بن طغرل، برادر ارسلان شاه را که در شیراز بود، برای اشغال تخت سلطنت به همدان بفرستد. اتابک سنقر هم ملک محمد را با هزار سرباز روانه کرد و پس از پیوستن امرای مخالف ارسلان شاه به او، به سمت همدان حرکت کرد. ایلدگز و ارسلان شاه که آماده مقابله بودند، در حدود همدان ملک محمد را شکست دادند.سلطان ارسلان شاه و ایلدگز، با کوشش بسیار قلمرو سلجوقی را نظم دادند، ولی خلیفه عباسی که در فکر احیای قدرت دنیوی خود بود دائماً به تحریک شاهزادگان و امرا علیه سلاجقه می پرداخت. چنان که عون الدین یحیی وزیر خلیفه از اتابک فارس درخواست کرد به نام محمود، پسر ملکشاه خطبه بخواند. اتابک زنگی نیز محمود را سلطان خواند و آماده جنگ با ایلدگز شد؛ ولی سرانجام هر دو طرف به صلح رضایت دادند و سلغریان فارس رسماً تابع سلاجقه شدند. در واقع باید گفت که کوشش های ایلدگز، دولت ارسلان شاه را قدرتمند ساخت و سلطان در واقع قدرت چندانی نداشت. گرچه سلطان قصد محدود کردن اختیارات ایلدگز را داشت اما مادرش که زن اتابک بود همواره مانع او می شد.چندی بعد اتابک درگذشت و پسرش شمس الدین محمد جهان پهلوان به سرعت به آذربایجان رفت و بر خزا۸۲ین و لشکریان پدر مسلط شد و خود را اتابک خواند. این اتفاق ارسلان شاه را نگران کرد و امرای دیگر هم به تحریک او ضد اتابک نو برخاستند. سلطان با لشکریانش به سمت آذربایجان حرکت کرد اما بیمار شد و به همدان بازگشت و به ناچار اتابکی شمس الدین را پذیرفت. با این وجود مدتی بعد در رجب ۵۷۱ه. ق به دست اتابک مسموم شد و درگذشت.پس از مرگ ارسلان، اتابک پسر خردسال او طغرل را به سلطنت نشاند. ملک محمد عموی طغرل به مخالفت برخاست اما از اتابک شکست خورد و در سال ۵۷۱ه. ق به قتل رسید. پس از این ماجرا اتابکان فارس و موصل، ارمن شاهان خلاط و امرای خوزستان حکومت طغرل را به رسمیت شناختند.جهان پهلوان در سال ۵۸۲ه. ق درگذشت و مظفرالدین قزل ارسلان خود را اتابک خواند و مخالفت طغرل نیز به جایی نرسید. اما اندکی بعد موفق شد قزل ارسلان را به آذربایجان فراری دهد. مظفرالدین قزل ارسلان در آنجا با الناصر لدین الله خلیفه عباسی ضد طغرل همداستان شد. طغرل نخست لشکر خلیفه را شکست داد اما از قزل ارسلان شکست خورد و دستگیر و زندانی شد. (۵۸۶ه. ق)مظفرالدین قزل ارسلان پس از زندانی کردن طغرل، سنجر بن سلیمانشاه را به سلطنت برداشت، ولی اندکی بعد او را نیز زندانی کرد و در اقدامی عجیب خود را سلطان خواند. این رفتار، اینانج خاتون زن ایلدگز را که از مظفرالدین متنفر و منتظر فرصت بود، برانگیخت. اینانج خاتون سرانجام در شوال ۵۸۷ه. ق قزل ارسلان را به قتل رساند.قلمرو این سلسله پس از قتل قزل ارسلان به دو بخش تقسیم شد: آذربایجان به اتابک ابوبکر و عراق عجم نیز به قتلغ اینانج تعلق گرفت. چندی بعد از آن نیز سپهسالار حسام الدین دیزماری و امیر بار آناسوقلی، سلطان طغرل بن ارسلان شاه را از قلعه ای که ۱۴ ماه در آن زندانی بود بیرون آوردند. طغرل ابتدا علیه اتابک ابوبکر اقدام کرد و او را مغلوب کرد. پس از آن راهی عراق عجم شد و قتلغ اینانج را در بیرون از شهر قزوین مغلوب کرد. (جمادی الثانی۵۸۸ه. ق) وی سپس به همدان رفته، برتخت نشست و امور را سامان داد و معین الدین کاشی را به وزارت برگزید. (۵۸۹ه. ق)علاءالدین تکش خوارزمشاه که هم اکنون با سقوط دولت سنجر بر خراسان مسلط شده بود با مرگ قزل ارسلان و با استفاده از اغتشاشات موجود، در ظاهر و به بهانه حفظ حق سلجوقیان راهی عراق عجم شد(۵۸۹ه. ق) و قلعه طبرک و حوالی ری را تصرف کرد. سلطان طغرل که به تازگی قتلغ اینانج را شکست داده بود با تکش صلح کرد اما این صلح چندان نپایید، چرا که با تحریک برخی از امرا کدورتی بین آن دو بروز کرد. تصرف قلعه طبرک توسط طغرل، موجب واکنش خوارزمشاه شد. در این زمان قتلغ اینانج نیز به تکش پیوست. دو لشکر در ربیع الاول ۵۹۰ه. ق در اطراف ری باهم روبرو شدند. در اثنای جنگ تیری به چشم طغرل خورد و او از اسب به زیر افتاد. قتلغ اینانج که همان نزدیکی بود، سر از تن سلطان جدا کرد و نزد تکش فرستاد. جنازه بی سر او نیز در آرامگاه طغرل اول دفن شد.
خلفا در این دوره از قدرت مالی سیاسی مستقل برخوردار نبودند. ایشان دربار و وزیر ویژه ای داشتند و به صورت یک مرشد معنوی-سیاسی عمل می کردند. در این دوره سه نفر خلافت کردند. المستظهر بالله(۵۱۲–۴۸۷ه. ق) المسترشد بالله (۵۲۹–۵۱۲ه. ق) و الراشد بالله (۵۳۲–۵۲۹ه. ق).منابع مالی خلفا برای اداره دربار، هدایایی بود که ملوک و امیران مختلف، برای خلیفه ارسال می کردند. خلیفه نه تنها موقعیتی در دادن خلعت و تأیید امارت سلسله های حاکم داشت، بلکه گاه در حل اختلافات امیران نیز مداخله می کرد. به علاوه، او پناه افرادی بود که به وسیله سلاطین معزول می شدند و تحت تعقیب قرار می گرفتند؛ این اشخاص به خلیفه پناهنده می شدند تا وی در حل اختلاف وساطت کند و البته مبلغ قابل توجهی نیز به خلیفه برای این کار می پرداختند.در سال ۵۲۰ه. ق میان یرنقش زکوی، رئیس پلیس بغداد و کارگزاران خلیفه نزاعی درگرفت. زکوی به نزد سلطان محمود بن محمد رفت و او را از اقدام مسترشد مطلع کرد. سلطان محمود نیز به سمت بغداد حرکت کرد و به بغداد وارد شد. خلیفه اما با آمدن او مخالفت کرد و به سمت غربی شهر نقل مکان کرد، سلطان که از اقدامات مسترشد نگران بود سعی کرد او را در بند کند اما مردم بغداد به حمایت خلیفه قیام کردندو سپاهی سی هزار نفری از مردم به دفاع از خلیفه پرداختند. با آمدن نیروهای کمکی، سلطان موفق به پیروزی در این جنگ و دستگیر کردن خلیفه شد و در ۵۲۱ه. ق به همدان بازگشت.در سال ۵۲۹ه. ق خلیفه عباسی که در فکر تقویت پایگاه سیاسی خود بود، به جنگ سلطان مسعود بن محمد رفت. آن زمان مسعود در همدان بود و بسیای از امرای وی همدلی خود را با خلیفه به طور پنهانی اعلام کرده بودند. جنگ میان آندو درگرفت و شگفت آنکه بدون کشته شدن حتی یک نفر از سپاه سلجوقی، خلیفه و یارانش شکست خوردند و خلیفه و قاضی القضات و عالمانی که همراهش بودند همگی به اسارت سلطان مسعود درآمدند. اسارت خلیفه برای مسلمانان فاجعه ای بسیار سنگین و سخت بود. به گزارش منابع همعصر، سنیان بغداد پس از شنیدن خبر اسارت خلیفه در کوچه و بازار بر سر و صورت خود خاک می ریختند ضجه می زدند. از سوی دیگر سلطان سنجر که در ظاهر روابطش با خلیفه حسنه بود از سلطان مسعود خواست هرچه زودتر خلیفه را آزاد کرده و با احترام به بغداد بازگرداند.زمانی که سلطان مسعود و خلیفه مشغول گفتگوی صلح بودند، بیست و چهار نفر از اسماعیلیان به چادر خلیفه حمله کردند و او را کشتند. از آنجا که این رخداد در اردوی سلطان مسعود رخ داد، به نوشته جوینی «جمعی از کوتاه نظران و بدخواهان دولت سنجری، این حال را بدیشان نسبت می کردند» که جوینی این را اتهامی واهی شمرده.پس از مسترشد، با فرزندش الراشد به عناون خلیفه بیعت شد؛ اما در سال ۵۳۰ه. ق با مرگ وی و باالمقتفی لامر الله بیعت شد. راشد که قصد جنگ با ملاحده (اسماعیلیان) را داشت -شاید به قصد انتقام پدرش- از بغداد به سوی اصفهان حرکت کرد. اما اینبار نیز فدائیان اسماعیلی به سراغ او آمدند و در رمضان ۵۳۲ه. ق در بارگاهش او را به قتل رسانده و همان جا دفن کردند. هم اکنون نیز مقبره ای در محله پل شهرستان اصفهان (در نزدیکی زاینده رود) موجود است که به احتمال قوی از آن راشد عباسی است.در سال ۵۵۱ه. ق سلطان محمد بن محمود برای آنکه نامش در خطبه نماز جمعه بغداد خوانده شود به بغداد لشکرکشی کرد و به نبرد با خلیفه پرداخت اما با دریافت خبر تصرف همدان توسط رقیبانش، بغداد را رها کرده و به همدان بازگشت. او در همان شهر به سل مبتلا شد و در ۵۵۴ه. ق درگذشت.زمانی که الناصر لدین الله در سال ۵۷۵ه. ق به خلافت رسید به تریج کوشید تا قدرت از دست رفته خلافت را بازگرداند. طغرل بن ارسلان (طغرل سوم)در سال ۵۸۳ه. ق نماینده ای را به بغداد فرستاد تا به اطلاع خلیفه برساند که دارلسلطنه را برای آمدن او آماده کند. خلیفه نه تنها پاسخ مثبتی به نماینده سلطان نداد بلکه بلکه دستور داد تا دارالسلطنه را ویران کنند. سال بعد میان سپاه خلیفه و سلطان در نزدیکی همدان نبردی درگرفت که خلیفه در طی آن شکست خورد. اما با این وجود او یر انجام خواسته هایش اصرار داشت. در این دوره درگیری سلجوقیان و خوارزمشاهیان بالا گرفت و طغرل به سال ۵۹۰ه. ق کشته شد.
در نظام حکومتی سلجوقیان عراق عجم، مانند سایر سلسله های حاکم بر ایران، شخص سلطان مقام نخست را داشت. از نظر نظام الملک نیز «سلطان به عنوان شبان مردم در راس تمام امور قرار داشت».دستگاه دیوانسالاری این سلسله محلی تا حد زیادی به دیوانسالاری حکومت سامانیان شباهت داشت و دارای دو رکن اساسی بود:
wiki: سلجوقیان عراق عجم