[ویکی فقه] محمدحسین در سال ۱۲۴۰ ش. / ۱۲۷۷ ق. در شهر نایین و در خاندانی فاضل و محیطی روحانی و خانه ای پر مهر و عطوفت، قدم به عرصه گیتی نهاد و با قدوم مبارک خود آن خانه را رونق و صفایی افزون بخشید. پدر او شیخ الاسلام میرزا عبدالرحیم، از خاندان بزرگ منوچهری بود که در شهر اصفهان پدرانش - پشت به پشت - لقب شیخ الاسلامی داشتند. خاندان نایینی در اصفهان به بهره مندی از خوبیها شهره عام و خاص و از نظر علم و دینداری زبانزد همگان بودند و خانه ایشان در زمان بروز مشکلات پناه مستمندان بود.
میرزا محمدحسین تحصیلات ابتدایی حوزوی خود را در زادگاه خویش گذراند و پس از آن بار سفر بست و در هفده سالگی (۱۲۹۳ ق) به شهر اصفهان هجرت کرد و در آن حوزه علمی بزرگ تحصیل علوم دینی را
ادامه داد و دروس عالی فقه، اصول، فلسفه و حکمت را از اساتید فرهیخته ذیل آموخت.۱. ابوالمعالی فرزند حاج محمد ابراهیم کلباسی (۱۲۴۷ - ۱۳۱۵ ق).۲. شیخ محمد باقر ایوانکی فرزند شیخ محمد تقی اصفهانی (۱۲۳۵ - ۱۳۰۱ ق)۳. جهانگیر خان قشقایی (۱۲۴۳ - ۱۳۲۸ ق.) نایینی این اسطوره تقوا، بعد از چندین سال کسب علم از محضر عالمان اصفهان در سال ۱۳۰۳ ق آن حوزه را ترک گفت و راهی نجف اشرف شد. او پس از زیارت بارگاه ملکوتی امیرمؤمنان علی ـ علیه السلام ـ به شهر سامرا رفت. زیرا آن دیار مقدس با حضور میرزا محمد حسن شیرازی و دیگر اساتید، رونق علمی یافته و دانش پژوهان بسیاری را به سوی خود جلب کرده بود.نایینی در آغاز ورود به حوزه سامرا در درس دو استاد فرزانه ذیل شرکت جست:۱. سید محمد طباطبایی فشارکی (متوفی ۱۳۱۶ ق.)۲. سید اسماعیل صدر (۱۲۵۸ - ۱۳۳۸ ق.)او سپس در محفل پربار درس میرزا محمد حسن شیرازی (۱۲۳۰ - ۱۳۱۲ ق.) حضور یافت و مدت نه سال از دانش سرشار استاد عالی مقام خویش بهره برد و علاوه بر آن، محرم خاص میرزا گردید. میرزای نایینی همچنین با سفر به نجف اشرف از درس اخلاق سالک درگاه الهی آخوند ملا حسینقلی همدانی استفاده کرد. او پس از رحلت میرزای شیرازی به همراه استاد دیگر خویش سید اسماعیل صدر راهی کربلا شد و در جوار مرقد امام حسین ـ علیه السلام ـ از این استاد عزیز سود جست و اقامتش در آن شهر دو سال به طول انجامید و سپس با اندوخته ای ارزشمند و کوله باری گرانسنگ در سال ۱۳۱۶ ق راهی نجف شد و در آنجا اقامت گزید. او در کنار تدریس، در جلسه علمی آخوند خراسانی حاضر می شد و در کمترین زمان از یاران و محرمان اسرار او گردید. آ قا بزرگ تهرانی می نویسد: «میرزای نایینی در جلسه درس عمومی آخوند شرکت نمی کرد. چون او غنی از آن بود. و اگر هم شرکت می نمود به خاطر احترام و ادب شرکت می کرد نه برای تعلیم و تلمّذ»
